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A的两个子群以同义突变T29095C区分。在T-等位基因亚群中,有四个中国人(来自中国南方沿海省份广东省)带有祖先基因组,而三名日本人和两名美国病人则存在许多突变。据报道,这些美国患者在推测的武汉疫情中曾有居住史。 C-等位基因亚簇具有相对较长的突变分支,包括来自武汉的五个人,其中两个代表祖先,另外八个来自中国和邻近国家的东亚人。值得注意的是,该子集群中将近一半(15/33)类型位于东亚以外地区,主要位于美国和澳大利亚。
就节点类型和从这些节点辐射的突变分支中包含的个体数量而言,两个派生的网络节点引人注目。我们已将这些系统发育簇标记为B和C。
对于B型,在武汉(n = 22),中国东部其他地区(n = 31)以及偶发地在邻近的亚洲国家(n = 21)中,对93个B型基因组中的19个进行了采样。在东亚以外地区,在美国和加拿大的病毒基因组中发现了10种B型,墨西哥一种,法国四种,德国两种,德国和意大利和澳大利亚各一种。节点B通过两个突变从A派生:同义突变T8782C和非同义突变C28144T,将亮氨酸变为丝氨酸。在突变分支长度方面,簇B引人注目:虽然祖先的B型被东亚人独占(26/26个基因组),但亚洲以外的每个(19/19)B型基因组都进化出了突变。这种现象似乎不是由于病毒基因组在中国传播之前长达一个月的时间滞后和伴随的突变率所致(数据集S1,补充表2)。复杂的创始人场景是一种可能性,而值得考虑的另一种解释是,祖传的武汉B型病毒在免疫或环境上适应了东亚大部分人口,并且可能需要变异以克服东亚以外地区的抵抗。
C型与其母体B型的区别在于非同义突变G26144T,该突变将甘氨酸转变为缬氨酸。在数据集中,这是主要的欧洲类型(n = 11),在法国,意大利,瑞典和英国以及加利福尼亚和巴西都有代表。它在中国大陆的样本中不存在,但在新加坡(n = 5)中很明显,在香港,台湾和韩国也有。
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