在前集的最后大战，人类部队有目的的投下了辐射性很强的，对潘多拉星球的生物也有危害的脏弹（贫铀弹），在人类撤出潘多拉星球以后的若干年里，这种危害慢慢开始浮现，主要表现在生物的生命周期缩短，纳维人患类似于癌症的人数扩大，并且所生畸形儿的几率也增大。包括杰克夫妇的儿女也受到其害，使两人以及部落伤心不已。杰克只好求助艾娃通过爱丽丝的知识寻找后得知自己的猜想（贫铀弹）是为事实。

被迫撤退的人类回到地球以后，受到了英雄般的欢迎。他们在回归太阳系的旅途中，有意识地删掉了人类屠杀纳维人的资料，并且围绕着悲情主义对纳维人的顽抗的凶猛进行了夸大的渲染。回到地球以后，他们利用站在宪法的立场以及在人类普世的观念上的人类之上的精神制高点，对自己的粉饰跟悲情的夸大使得他们获得了大多数地球人的给与的至高的尊严。反之被纳维人允许留下的人类已被以反人类为罪行所起诉。并且最高法庭代表全人类批准了地球再度派遣更多更强大的军队待势再发。

杰克跟纳维公主正为着族群的伤病一筹莫展，他们却发现了另外一批地球人的降临。出乎纳维人的意料之外，这批人是极为友善并且真诚愿意帮助他们清理辐射垃圾。为了感谢这些人类的帮助，杰克带领他们的部族欢迎了他们的到来，并且帮助他们在潘多拉星球安家。而这披人类，也赠给纳维族一幅代表人类最高技艺的精致的毛毯。这批人类之后一直都没有做任何破坏潘多拉星球生态的举动，他们甚至一直为了不破坏任何环境而宁可居住在远离纳维部落的荒远地区，过自己的生活。

那些从潘多拉星球战败回到地球的人类也带来了潘多拉星球的各种生物样本。虽然首批派遣过去的非政府组织（其实是某巨大财团）业已破产，但是关于潘多拉星球的生物科技的研究被另外一个巨大财团E集团以天价接手，并启动了命名为T计划的对抗纳维人的超级病毒的研究。这幅巨毯正是带着E集团花巨资开发的专门对纳维人有致命性的厌氧病毒。

这次病毒在纳维人上的大流行使得纳维人类在潘多拉星球的数量骤减，包括纳维公主跟她跟杰克的子女都不幸感染并死去。把巨毯送给纳维族的那些人类终于也如梦初醒地发现是E集团利用他们对纳维人的善心来对纳维人做灭绝性的攻击。部分的人类也受不了对纳维人的愧疚而自杀，其他的人则被纳维人完全排斥在外。

这时的杰克只能跟残存的纳维族人举行仪式向艾娃请求帮助。艾娃接受到了他们的请求，向杰克输入了爱丽丝留下的生物科学知识体系。杰克发现爱丽丝早已发现了纳维族人的免疫漏洞并且制定了抗体的基因图谱框架。但是在还没有完成之前就已死去。杰克冒着被纳维族开除的危险连同剩下的人类开始共同开发抗体疫苗，杰克是在同时间赛跑，并冒着生命危险以自己为试验品，他在九死一生的过程中，终于制出了疫苗。但杰克此时已经被纳维族所不容，他只能带领这些人类利用飞行器向纳维人发射带有疫苗的微型箭。纳维人在顽抗时也大都中了箭，却无一死亡。箭头上的疫苗起了作用，这以后，纳维人终于渡过了可能导致灭绝的瘟疫危机。

杰克一直在死之前都无法靠近他所深爱的纳维人。在他临死的时候他嘱咐他的人类伙伴（没有人已经再把他当成外星人）把他的尸体送回纳维部落的地域。纳维人本想把杰克的尸体弃之荒野，但发现他的身体就像当初纳维公主第一次发现他一样被代表纯洁的精灵水母全部盖住。纳维人于是发觉那场导致全族人受轻箭伤是艾娃派遣杰克用来拯救纳维人的仪式。杰克的坐骑在自己主人死后托着他在纳维族人的景仰下，在高空飞翔一周以后就带他进入纳维人朝圣的地方，不肯离去，直到死去把灵魂交还给了艾娃。

（飞翔的塑料袋于2009年1月24日在华新网原创文学版首发）