我最近一次从马来西亚回新加坡坐火车，但是他们到火车上来检查passport,visa的时候我睡着了，departure card也没有拿走。
这样会不会算我over stay?

不过，我当时没有睡着，边防人员会在visa上面手写一个离开的日期，当作出境章。

按你这么说，似乎连这个日期都没有写吧，这个有点危险，理论上说你属于没有处境啊。