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单纯比较利率，国库券近期屡超4%的截止收益率高于公积金普通户头的2.5%利率，似乎用普通户头申购国库券的投资回报更多。不过，除利率因素外，投资者抉择时仍须面对其他考量。

首先，根据公积金的利率结算方式，当月存入的金额将在次月产生利息，而取出的钱当月就不再赚取利息，因此投资者会额外损失普通户头的利息收益。

举例而言，若现在用普通户头申购1月18日拍卖的六个月国库券，就收不到1月的普通户头利息。若月底申购下个月的国库券，则将损失两个月利息。因此，投资者在比较收益时，须计算自己将损失几个月的普通户头利息，而后再决定。