上铺明显更受欢迎。我家两个都很小的时候，大的睡上面，那时候小的还爬不稳。后来小的比较稳了，但是那时候床刚好在一个窗户边，乱来可能会摔到楼下，就还是让大的睡上面。后来搬家，床的位置没有风险了，大的就让给小的睡上面了。
如果没有特别的原因，可以考虑轮流，或者猜拳。