该作是由“合金装备”系列的新川洋司担当人物设计，因此在游戏封面上一眼就让人看出MGS的感觉。《风云新撰组》是由开发《剑豪》的KONAMI旗下元气公司负责制作，因此在游戏画面以及系统上与《剑豪》都十分相似。在该作中，玩家将会扮演新撰组的队员之一，局长近藤勇、副局长土方岁三、一番队组长冲田总司等人的带领下与破坏京都和平的维新浪士展开生死对决。

作为维护京城治安的组织成员，玩家在游戏中要和其他队员一起完成在城中追踪浪人、巡逻等任务，也可以在屯所中修炼技巧或者在烟花场所恢复体力。在战斗中，将新撰组排成队列行动是基本中的基本。随着玩家的名声和其他队友友好度的提高，最后还可以率领别的队员。要率领能力更高的队员，就需要玩家拥有更高的名声和友好度。根据玩家所率领的队员，可以使用的连携技与阵型也会有所不同。队长级的成员还拥有强力的原创技。连携技会根据敌人和其他队员的位置关系而变化，除了自己的所在位置以外，还要从全体成员的角度考虑。